Aalborg Kommune har andel i 6 Natura 2000-områder. Handleplanerne for disse områder er udført i tæt samarbejde med de kommuner, som områderne også berører.
Aalborg Bugt, Randers Fjord og Mariager Fjord - Natura 2000-område nummer 14
Aalborg Kommunes østkyst med især vigtige strandengs- og overdrevsområder ligger inden for dette langstrakte område. De fredede Muldbjerge og fredningen ved Knarmou Strandenge ligger inden for området. I samarbejde med Agri Nord er der gennemført et Natur- og Miljøprojekt til pleje af privatejet strandengsområde ved Egense. Kommunen varetager plejen inden for den fredede del af området, men der er derudover et behov for pleje og ændret hydrologi af privatejede strandenge.
Nibe Bredning, Halkær Ådal og Sønderup Ådal - Natura 2000-område nummer 15
Området er stort og med overvejende privatejede arealer. Området består i Aalborg Kommune af Halkær Ådal med mange naturtyper samt strandenge langs Limfjorden og Halkær Bredning. Forudsætningen for målopfyldelse er frivillig tilskudsordninger især til afgræsning og til ændret hydrologi. Aalborg Kommunes indsatsplan for engfugle giver et godt grundlag for strandengene, hvor der blandt andet er givet tilskud til engfugleprojekt i Nørholm Enge.
Lille Vildmose, Tofte Skov og Høstemark Skov - Natura 2000-område nummer 17
Nordvesteuropas største højmose og nogle af landets største og bedste naturskove samt store kalkoverdrev. Kommunens største Natura 2000-område med krav til udvidelse af højmose. Det igangværende EU LIFE-projekt vil i vid udstrækning sikre målopfyldelsen.
Rold Skov, Lindenborg Ådal og Madam Sø - Natura 2000-område nummer 18
Aalborg Kommunes andel er i Lindenborg Ådal. Området er privatejet med mange lodsejere med små arealer. Forudsætningen for målopfyldelse er frivillige tilskudsordninger til rydning, afgræsning og udvidelse af prioriterede naturtyper. Der er gennemført enkelte projekter i området.
Lundby Hede, Oudrup Østerhede og Vindblæs Hede - Natura 2000-område nummer 19
De Himmerlandske Heder er fredet. Hedeplejen er godt i gang. Der er stadig noget behov for rydning og plejen med græsning skal holdes i gang fremover. Der gøres en særlig indsats for sommerfuglearten hedepletvinge.
Hammer Bakker, østlig del - Natura 2000-område nummer 218
Kommunens mindste Natura 2000-område ligger i den østlige del af Hammer Bakker, hvoraf en del er fredet. Kommunen og Dansk Botanisk Forening ejer størstedelen af området. Området er især udpeget for sin fine forekomst af skovnatur, hede og overdrev, der veksler i en mosaik. Der er igangværende pleje i store dele af området, men der skal ske yderligere rydning af opvækst.